참여정부는 출범 초기 급속한 시대환경 변화에 맞춰 국책연구소의 기능 및 역할 재정립이 필요하다고 보고 발전방안에 대한 연구를 진행했다. 당시 정부혁신지방분권위원회(위원장 김병준)가 주도한 이 연구에서 ▲전면 통합을 통한 연구회 체제 강화 ▲부처별 통합으로 연구회 체제 부분적 개선 ▲핵심 기능별 통합으로 부분적 개선 ▲독립기관화 및 대학 이관 등의 4가지 대안이 제시됐다.
하지만 실제로는 기존 국무총리실 산하 국무조정실 소속의 과학기술계 19개 연구소가 국가과학기술위원회로 그 소속을 옮기는 선에서 개혁이 마무리됐다. 앞서 국민의 정부는 공공기관 개혁의 시금석으로 국책연구소에 직접 칼을 댔고, 이때 출연연구소 인력이 대규모로 감축됐다. 또 각 부처 소속으로 운영되던 국책연구소들은 이때부터 총리실 소속의 5개 연합이사회로 재편됐다. 이들 연구회는 연구기관에 대한 주무 부처의 간섭을 배제하고 자율성 및 책임경영 체제를 강화하는 게 목적이었다.
그러나 이 역시 실패했다는 비판을 받고 있다. 한 국책연구소 관계자는 “과거에는 소관 부처의 간섭만 신경쓰면 됐는데 지금은 총리실과 기획예산처까지 신경을 써야 한다”며 “본래 취지와 달리 상전만 늘어난 ‘옥상옥’ 시스템이 돼 버렸다”고 말했다.
국책연구소는 한국과학기술연구원이 설립된 60년대를 시작으로 70년대(한국개발연구원 등 설립)까지는 개발논리를 앞세운 정부가 나서 대대적으로 연구소를 지원하는 등 명실상부한 국가 싱크탱크로 자리매김했다. 이후 80년대에 들어서면서 그 위상이 크게 흔들려 상당수 연구소가 통폐합됐고, 연구과제 결정권도 정부 주도로 넘어갔다.
특별기획취재팀=채희창·김형구·우한울·나기천 기자
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