“장애인 고용부담금도 비용 처리 가능”…대법원 판결로 법인세 환급 길 열려 [알아야 보이는 법(法)]

상시 근로자 50명 이상 고용하는 사업주는 법정 의무고용률에 따라 장애인 근로자를 의무적으로 고용해야 합니다. 상시 100명 이상 고용사업주는 의무고용 미이행 시 장애인 고용부담금을 신고·납부해야 합니다. 장애인 고용부담금은 장애인을 고용해야 할 의무가 있는 사업주가 의무고용률에 못 미칠 때 납부해야 하는 공과금입니다. 부담금 제도는 사회 연대책임의 이념을 반영해 장애인을 고용하는 사업주와 고용하지 않는 사업주의 경제적 부담을 평등하게 조정함으로써 장애인 고용에 따른 비용을 보전해주기 위해 도입되었습니다.

일반적으로 세금과 공과금은 순자산의 감소액이므로 법인세를 산출할 때 원칙적으로 손금 산입 대상입니다. 하지만 세금 또는 공과금을 부과한 목적의 효과를 감소시키지 않도록 법인세법 제21조에서는 손금에 불산입되는 세금과 공과금을 규정하고 있습니다.

위에서 설명한 장애인 고용부담금이 구 법인세법(2024년 12월31일 법률 제20613호로 개정 전의 것) 제21조 제5호에서 정한 ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금’에 해당해 손금 불산입되는지가 수년간 문제 되어 왔었습니다. 최근 선고된 대법원 판결(2026. 3. 12. 선고 2025두35058)은 장애인 고용부담금이 구 법인세법 제21조 제5호에 해당하지 않아 손금 산입을 할 수 있다고 판단했습니다.

대법원은 “장애인 고용부담금은 사업주가 구 장애인고용법 제28조 제1항에 따른 장애인 고용의무를 불이행한 것을 이유로 부과되는 공과금에는 해당하지만, 더 나아가 ‘제재로서 부과되는 공과금’에 해당한다고는 볼 수 없어 결과적으로 구 법인세법 제21조 제5호가 손금 불산입 대상으로 정한 ‘법령에 따른 의무의 불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금’이라고는 볼 수 없다”고 판단했습니다.

그 이유로 △어느 공과금이 구 법인세법 제21조 제5호에서 정한 손금 불산입 요건을 충족하였는지는 조세 법률주의에 따라 엄격하게 해석하여야 할 것이고 △장애인 고용부담금은 본질적으로 사업주의 사업이나 자산의 존재, 거래 등의 행위에 수반되어 발생하는 사업경비로서의 속성을 지닌다고 볼 수밖에 없으며 △기본적으로 의무 불이행에 대한 ‘제재’로서 부과되는 대표적인 벌금 및 과태료는 고의 또는 과실이라는 책임 요건의 존재를 그 요건으로 하고 있는데, 장애인 고용부담금은 구 장애인고용법 제33조에서 정한 요건에 해당하기만 하면 고의 또는 과실 등 책임 요건의 고려 없이 일률적으로 그 납부의무가 발생하는 것일뿐더러, 사업주가 장애인 고용의무를 이행하지 않아 구 장애인고용법 제28조 제1항을 위반하더라도 이를 처벌하는 규정이 별도로 존재하지 않으며, 장애인 고용부담금 자체는 법령에 따른 장애인 고용의무의 불이행에 따른 결과로서 발생하는 것이지만, 법적 비난 가능성이 전제된 ‘제재’로서의 속성까지 지니는 것이 아니라 단지 구 장애인고용법 제33조가 정한 요건에 따라 장애인 고용에 대한 정책적 목적을 달성하기 위하여 독립적으로 부과되는 금전 지급의무에 그친다는 점 등을 들었습니다.

이로써 장애인 고용부담금의 손금 산입 가능성이 생겼습니다. 이에 장애인 고용부담금을 이제껏 관행대로 손금 불산입해왔던 사업주는 경정청구를 통해 법인세를 환급받을 수 있을 것으로 보입니다. 일반적으로 경정청구는 법정 신고기한이 지난 뒤 5년 내 관할 세무서장에 청구할 수 있으므로(국세기본법 제45조의2 제1항 참조), 예를 들어 사업연도가 1월1일∼12월31이면 각 사업연도 법정 신고기한이 다음 연도 3월31일까지여서 현재로써는 2021년 사업연도분부터 경정청구를 할 수 있다고 사료됩니다.

다만 구 법인세법 제21조 제5호가 2024년 12월31일 ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금’에서 ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반을 이유로 부과되는 공과금’으로 개정되어 이듬해 1월1일부터 시행되고 있습니다. 위 대법원 판결에서 문제 되었던 ‘제재’라는 문구가 삭제된 것입니다. 따라서 사업연도가 1월1일∼12월31일이라면 2025사업연도분부터는 개정된 법인세법 제21조 제5호에 따라 장애인 고용부담금이 다시 손금 불산입 대상으로 해석될 수 있습니다. 따라서 개정된 법인세법 제21조 제5호에 따라 장애인 고용부담금이 다시 손금 불산입 대상에 해당되는지는 재차 과세관청이나 법원의 판단을 기다릴 필요가 있겠습니다.