국회 천안함진상조사특위 소속 최 의원이 공개한 자료에 따르면 조사단의 국내 지휘부 및 조사요원(지원인력 제외)은 총 47명으로, 이 가운데 민간인은 25명, 군인은 22명이었다.
최 의원은 그러나 민간인으로 분류된 이들 가운데 정희선 국립과학수사연구소장을 비롯, 상당수는 국방과학연구원과 국과수, 국방홍보원, 국방과학연구소(ADD) 등 국방부나 정부기관 관련 인사들로, 순수한 민간인으로 볼 수 있는 경우는 윤덕용 공동조사단장을 비롯, 학계인사와 기업 출신 등 9명 정도라고 주장했다.
이 9명 중에서도 국립해양조사원과 한국해양연구원 소속 2명은 정부로부터의 독립성이 의심될 소지가 있다고 덧붙였다.
그는 또 합조단이 북한 소행의 결정적 근거로 제시한 어뢰 추진부의 `1번' 글씨에 대해서도 익명을 요구한 미국 버지니아대 물리학과 교수에게 의견을 조회한 결과 "어뢰 폭발이라면 1번 표기가 폭발 후 남는 것은 불가능하다"는 답신을 받았다며 정부 발표에 의혹을 제기했다.
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